南京园位于中华园艺展区北侧，南邻散花楼，东接徐州园，北靠绛溪河，规划面积约2200平方米。

南京园以“文学的南京，科学的南京”为主题，在设计上充分考虑地形变化，将主体园林布置在东侧，通过爬山廊、假山瀑布、叠水的空间变化，营造出江南园林小桥流水的意境。园内游线以水为中心设计三条环线作为主要游览路线，将整座园林环通，并设多条次要游览路线，专门设置无障碍游览路线。南京园主要游览路线贯穿园林的主要区域，以天井、建筑、游廊为构成要素，在满足游览功能的同时，为游人提供丰富的游园体验；次要游览路线从主要游览路线上分出来，抵达各景点，设置无障碍游览路线，满足不同人群的游览需求。

对景、借景是江南园林造园手法的精髓，南京园设计多处对景，以双影堂—聚贤阁、夕佳楼、散花楼为主要对景，以临虚榭—聚贤阁—散花楼，桐音馆—登台雅舍—飞虹桥—聚贤阁，小小亭—登台雅舍—瀑布为次要对景，使人在游览过程中产生移步异景的感受。